Итак, созданный в России метод определения полного генома коронавируса нового типа и анализа его генетических вариантов позволяет расшифровывать все более и более геномов коронавируса: данные расшифровки 400 геномов уже занесены в российские и международные научные базы.
- Мы создали новую панель вирусных геномов, которая позволит оперативнее и масштабнее выявлять мутации SARS-CoV-2 по всей стране, - говорит Анна Сперанская.
- Что представляет из себя секвенирование генома?
- В процессе секвенирования определяется последовательность нуклеотидов ДНК вируса, позволяющая понять, есть ли в каких-то его участках мутации. На основании выявленных мутаций можно сделать выводы о том, например, что вирус стал быстрее распространяться или стал устойчивым к иммунному ответу. Есть разные методы для определения геномов вируса, однако перед загрузкой образца в панель нужно подготовить библиотеки к секвенированию. Если говорить о нашем методе, то мы придумали еще один способ подготовки библиотек к секвенированию, который позволяет проанализировать и полный геном, а в случае необходимости его можно легко использовать для анализа какого-то отдельного большого участка генома. Большинство лабораторий в мире работает с зарубежной панелью ARTIC, которая анализирует полный геном, используя короткие участки.
- Ваш метод уже практически применяется?
- Да, сейчас этот метод используется на потоке для анализа геномов коронавируса, которые привозят нам в лабораторию преимущественно из Москвы, но также и из других регионов. Именно в нашем институте анализируются образы из 15 регионов.
- По сути дела, лаборатория вашего института — некие входные ворота, позволяющие отсекать новые мутации на подступах?
- Так и есть. Центральный НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора назначен референс-центром, в котором будет собираться и анализироваться вся информация о новой коронавирусной инфекции. У нас был идентифицирован и британский вирус, и юарский. И сегодня их количество растет, а в скором будущем, крайне непродолжительном, они будут составлять большинство в популяции. Возможно, наряду с геновариантами, которые сформировались в России. Например, Анна Юрьевна Попова сообщала недавно о новых геновариантах "Северо-Западном" и "Сибирском".
- Но ведь российских штаммов явно не два. Еще полгода назад говорили, что их уже больше ста...
- Совершенно верно, количество найденных в России штаммов, точнее геновариантов, гораздо больше сотни. Но лишь некоторые из них вызывают пристальный интерес. Например, штамм ЮАР, а также некоторые другие, содержат мутацию Е484К, что позволяет предположить, что они более опасные, чем другие новые геноварианты.
Наша задача - не только идентифицировать новый вариант, но и попытаться представить, насколько он более опасен и насколько нужно обращать на него внимание. Данные по 400 геномам мы опубликовали и предоставили для анализа другим лабораториям. Часть данных успели выложить и в международный доступ. Но отсеквенировали мы, конечно, больше.
- Много лабораторий занимается в стране секвенированием геномов нового коронавируса? А главное — по какому принципу отбираются образцы ПЦР, которые требуют такой расшифровки генома? Ведь абсолютно все взятые образцы секвенировать нереально нигде в мире...
- Секвенированием геномов нового коронавируса занимается целый ряд институтов Роспотребнадзора. На такое сложное генетическое исследование отправляются образцы ПЦР (выборочно) прибывших из-за рубежа; полученные лабораториями образцы с высокой вирусной нагрузкой (с большим количеством вируса в мазке). Кроме того, секвенируются образцы от предположительно повторно заболевших. А еще - образцы от людей после вакцинации. Некоторые штаммы обладают способностью с большей вероятностью уходить от иммунного ответа после вакцины, и наша задача - выявить распространение тех штаммов, у которых выше шансы «обмануть» иммунитет. И это, в том числе, ответ на вопрос, почему привившись надо носить маску - можно встретиться со штаммом, который все равно может внедриться в наш организм. Вот когда эпидемия пойдет на спад, маски станут неактуальными. А пока расслабляться нельзя.
