Как стало известно «МК», по версии следствия, в конце 2007 года в правоохранительные органы поступило заявление о том, что средства МИГКУ на протяжении некоторого времени выводились на счета сторонних организаций. Так, с 2002 по 2008 годы Звягин заключил липовые договора с несколькими фирмами о закупке учебных пособий, об аренде помещений для института, организации корпоративных мероприятий и перечислил на счета ООО 86,54 млн. руб. Половина этих средств затем была снята со счетов этих компаний через подставных лиц и потрачена на приобретение авто и недвижимости в Черногории, Сербии, Израиле и России. К делу также были привлечены еще два фигуранта — главбух института Елена Бадалян и помогавшая в переводе средств института сотрудница банка Наиля Сибушева.
Во время расследования профессор лишился должности и заболел. Свое здоровье он отправился поправлять в Черногорию, откуда его потом пришлось экстрадировать. Впрочем, академик вину не признал. Он заявил, что большая часть денег была потрачена на выплату зарплат преподавателям. По его словам, компании, с которыми он работал, были реальными. Свидетели рассказали, что хотя «на бумаге» зарплаты сотрудников вуза составляли не более 5 тыс. рублей, но на самом деле они получали 100 -200 тыс. руб. в месяц.
— Приговором Звягину назначено наказание в виде 5,5 лет колонии общего режима и штрафом 1 млн рублей, — сообщила «МК» пресс-секретарь суда Юлия Скотникова. — Бадалян получила 4 года условно, а Сибушева 3,5 года условно с испытательным сроком 4 года.
