В июне 1943 года Кононов был десантирован на территорию оккупированной немцами Латвии. Находясь в составе 1-й Латвийской партизанской бригады, показал себя одним из лучших подрывников, в 1944 году возглавил отряд. За два года боевых действий лично уничтожил 14 эшелонов с живой силой и техникой противника.
В советское время Кононова считали героем, в независимой Латвии к нему подошли уже с другой меркой. Ветерану вспомнили эпизод 1944 года, когда его отряд расстрелял девятерых жителей деревни Малые Баты. Они, по данным Кононова, выдали немцам 12 партизан. Именно этот инцидент и стал поводом для многолетних судебных тяжб в независимой Латвии.
В 1998 году Кононов был арестован латвийскими властями по обвинению в военных преступлениях. В 2000 году Рижский окружной суд приговорил его к шести годам лишения свободы “за геноцид, преступления против человечности”. Приговор был обжалован, партизана в 2001 году из-под стражи выпустили и направили дело на доследование. В 2004 году Верховный суд Латвии Кононова признал виновным в военных преступлениях, но тут же освободил его в зале суда, так как тот уже отбыл назначенное ему наказание — один год и восемь месяцев.
Кононов виновным себя не считал и опротестовал приговор в Европейском суде по правам человека в Страсбурге. Решением от 24 июля 2008 года палата ЕСПЧ вынесла решение о неправомочности уголовного преследования Василия Кононова. Победа! Не тут-то было. В январе 2009 года Латвия решение суда обжаловала, и дело было передано в Большую палату ЕСПЧ.
Латвийская сторона настаивала на том, что Советский Союз являлся таким же оккупантом, как и Третий рейх. Василий Кононов скептически оценивал свои шансы. Он считал, что дело имеет политическую окраску, на судей ЕСПЧ оказывается политическое давление. И действительно, 17 мая 2010 года Большой палатой было принято решение в пользу латвийских властей. Адвокат Кононова подал прошение о пересмотре дела, которое постоянно откладывалось.
“Латвии нужно переписать историю, чтобы реабилитировать нацистов и судить ветеранов. Латвия хочет получать от России деньги за “оккупацию”. Местные политики замахнулись даже на святая святых — Нюрнбергский трибунал! Ветеранов отдают под суд, зато эсэсовцы свободно собираются в центре Риги. Мне еще обидно, что молчит Россия, ничего не сказал о вопиющем деле президент Медведев”, — заявил в одном из последних интервью корреспонденту “МК” Василий Кононов. Его голос, несмотря на возраст, до последнего оставался энергичным и бодрым.