За свою карьеру Варальо успел поиграть в таких клубах как "Химнасия и Эсгрима" из Ла-Платы. Ну а большую часть своей футбольной жизни он провел в "Бока Хуниорс" из Буэнос-Айреса. В составе этой команды Варальо отыграл 210 матчей и забил 190 голов, установив клубный рекорд. Только в XXI веке он был побит Мартином Палермо. Об этом сообщает официальный сайт ФИФА.
На чемпионате мира в Уругвае, куда Варальо приехал в 20-летнем возрасте, аргентинец забил мяч в ворота команды Мексики на групповом этапе. В финале с хозяевами турнира, в котором сборная Аргентины уступила со счетом 2:4, Варальо играл с травмой колена. Всего за национальную команду Франсиско Варальо провел 16 матчей и забил 7 голов.