Анатолий Тихонов был арестован в сентябре 2020 года. По версии Следственного комитета, в 2014 году был заключен государственный контракт на сумму более 600 млн руб. по разработке программы информационной системы топливно-энергетического комплекса (ГИС ТЭК). Два года спустя были подписаны акты выполненных работ, деньги были перечислены компании «Ланит», но по факту работа была выполнена не в полном объеме, а средства расхищены.
Первоначально следствие инкриминировало Тихонову мошенничество в особо крупных размерах, но впоследствии дело переквалифицировали, его признали виновным растрате в особо крупном размере (почти 300 миллионов) и получении взяток.
В ходе прений сторон обвинение просило приговорить бывшего чиновника к 5 годам и 4 месяцам колонии, после чего освободить в зале суда, поскольку он уже отбыл этот срок в СИЗО (при лишении свободы с отбыванием в колонии общего режима время, проведенное под стражей, засчитывается как день за полтора). Также прокурор просила назначить штраф в 502 миллиона рублей, взыскать с Тихонова сумму взятки, установить запрет на работу в органах власти на 15 лет, а также лишить орденов Почета и Дружбы.
Перед судом предстали также гражданская супруга Анатолия Тихонова Валерия Коваленко, предприниматель Елена Головко, бывший советник замминистра Роман Рыжков, вице-президенты компании «Ланит» Виктор Серебряков и Владимир Макаров, а также исполнительный директор компании «Эндевел» Игорь Удинцев. Всех их обвиняют в посредничестве в даче взятки. Для них обвинение запросило условные сроки от семи до семи с половиной лет, а также штрафы от 45 млн до 90 млн рублей.
В итоге Тихонова приговорили к штрафу в размере 500 млн рублей, а также 5 годам и 4 месяцам лишения свободы. Поскольку свой срок он уже отбыл в СИЗО, его отпустили на свободу. Остальные получили условные сроки и многомиллионные штрафы.