Предположение учёных заключается в том, что таинственный манускрипт написан на двух смешанных языках с исключением гласных букв. Для того, чтобы придти к этому предположению, учёные проанализировали множество различных языков — как реальных, входящих в индоевропейскую группу, так и созданных искусственно, включая эсперанто, придуманный Толкиеном «эльфийский» язык квенья и клингонский язык из вымышленной вселенной «Звёздного пути». В результате специалистам удалось выяснить, насколько близки или удалены друг от друга были исследуемые языки. Некоторые связи оказались довольно неожиданными — к примеру, квенья оказалась очень близка к вымышленному языку под названием «интерлингва».
Учитывая полученную информацию, специалисты выдвинули предположение, что в манускрипте Войнича намеренно пропущены гласные буквы, в то время как согласные взяты из двух довольно близких друг к другу языков, один из которых является «основным», а другой — «дополнительным». Исследователи предполагают, что в качестве первого языка использован английский или немецкий (на нём, по мнению математиков, написано около 60 процентов текста), а вторым — итальянский или испанский (около 40 процентов). При этом учёные не считают, что буквы в рукописи приводятся в неправильном порядке. Не склонны авторы исследования и считать, что существует некий дополнительный документ, без которого расшифровка манускрипта невозможна в принципе.
Учёные отмечают, что определить, что именно написано в манускрипте, им не удалось, и отсутствие гласных позволяет предположить слишком много похожих на правду вариантов. В то же время авторы исследования подчёркивают, что их, как математиков, в первую очередь интересовал именно ответ на вопрос, можно ли исторический документ расшифровать в принципе, а не каким было его содержание.