От японцев в обновленном проекте остался сквер и круглый амфитеатр, ради создания которых придется вырыть котлован до уровня подвальных помещений музея. От себя же московские градостроители добавили причудливую систему лестниц, многоуровневых парящих в воздухе переходов и террас с кустарниками и деревьями. Кроме того, по новому проекту строителям не придется вырубать старинные липы в сквере у Соловецкого камня (в концепции японцев без этого было не обойтись). Подвальный этаж музея будет превращен в пространство общего пользования с кафе, магазинами и галереями. Там же планируется обустроить зону инфоматов и касс.