В октябре 1999 года «Боинг», принадлежавший египетской авиакомпании и совершавший рейс из Лос-Анджелеса в Каир, разбился в Атлантическом океане. Все находившиеся на борту 217 человек погибли. Трагедия произошла в международных водах, поэтому расследованием должна была заняться страна, которой принадлежал самолет. Однако Египет обратился за помощью к американскому независимому Национальному совету по безопасности на транспорте (NTSB), который спустя две недели, усмотрев в деле криминальную составляющую, запросил содействия ФБР. Это вызвало возмущение в Каире: в Вашингтон для участия в расследовании был отправлен глава египетской разведки. Египетское агентство первым опубликовало свой доклад, в 2001 году: согласно документу, причина катастрофы была в технической неисправности, а не в действиях пилота (на тот момент американские специалисты склонялись к этой версии). Вышедший в 2002-м доклад NTSB подтвердил опасения египетской стороны: в качестве основной причины крушения называлось отклонение капитаном судна от заданного курса и изменение им первоначальных полетных данных. Причины, по которым он это сделал, в докладе не уточнялись. Доклад Каира был раскритикован в США.
Министерство гражданской авиации Египта, в рамках которого продолжило работу агентство, было основано в 2002 году. С первым серьезным вызовом ведомство столкнулось два года спустя, 3 января 2004 года, когда близ Шарм-аш-Шейха в море упал вылетевший в Париж «Боинг» со 135 пассажирами на борту. Все они, а также 13 членов экипажа, погибли, что стало крупнейшей авиакатастрофой в небе Египта — до нынешней трагедии. Первоначальной версией был теракт — в те дни на побережье отдыхал занимавший тогда пост британского премьера Тони Блэр. А спустя два дня после трагедии йеменские боевики заявили, что именно они сбили самолет — в знак протеста против обсуждавшегося тогда во Франции запрета на ношение хиджабов в школе (закон был принят в марте). Поиски «черных ящиков» в воде заняли две недели, при этом бортовой журнал так и не был найден. Расшифровка данных самописцев происходила в Каире — местным специалистам помогали коллеги из все того же NTSB и французского BEA (Бюро по расследованию и анализу безопасности гражданской авиации). При их же участии был подготовлен итоговый доклад в марте 2006-го: документ содержал несколько возможных причин крушения, но не теракт. В частности, речь шла либо о технических неисправностях, либо о недостаточной подготовке пилотов. На последней версии настаивали французские и американские специалисты: по их мнению, капитан страдал нарушением пространственной ориентации и, включив автопилот, отклонился от заданного курса. Второй же пилот был слишком неопытен, чтобы оспорить действия коллеги.
Несмотря на то что в 2004 году версия авиатеракта не подтвердилась, террористы сами по себе — серьезная проблема для Египта. Один из крупнейших терактов произошел в 1997 году в Луксоре, где у храма Хатшепсут жертвами переодетых в военных боевиков стали 62 человека. Ответственность за атаку взяла на себя группировка «Исламская община», на счету которой уже были многочисленные жертвы. Усиление мер безопасности по всей стране и массовые облавы на членов движения привели к тому, что деятельность «Общины» в Египте через два года фактически прекратилась. В июне этого года в Луксоре тремя смертниками была предпринята попытка теракта, но полиции удалось вовремя их обезвредить.
В апреле 2005-го сразу три теракта произошли в Каире, погибли трое туристов, десятки людей были ранены. По горячим следам были задержаны свыше 200 человек, а спустя два года четверо из выживших обвиняемых (часть терактов была совершена смертниками) были приговорены к пожизненным срокам. 23 июля того же года в обычно спокойном Шарм-аш-Шейхе прозвучали три взрыва. Жертвами стали 64 человека, ответственность за теракт взяли на себя сразу несколько группировок. Спустя неделю в ходе антитеррористического рейда был убит главный подозреваемый в организации взрывов (его личность установили по следам ДНК с места атаки), его подельники были задержаны 10 августа.
Тем не менее основная активность боевиков сосредоточена на севере Синая, где не прекращаются их нападения на военных. В провинции фактически постоянно проходит контртеррористическая операция, с прошлого года введен режим ЧП.