Против появления мемориала возражали жители города, подавшие заявление в суд. Они доказывали, что увековечиванием самопровозглашенного верховного правителя России городские власти пытаются провести его внесудебную реабилитацию, чего допускать никак нельзя. В подтверждение своей позиции они представили суду постановления Военной коллегии Верховного суда и зампреда Верховного суда об отказе в реабилитации Колчака в 2001 году. В свою очередь, городские власти настаивают на том, что почитают Колчака не как военного преступника, согласившегося на раздел России между Францией и Англией, а как ученого и военного, который долгие года прославлял свое государство. Однако суд признал постановление правительства Петербурга о разрешении установки доски незаконным и обязал ее снять. Свое мнение о личности адмирала Колчака высказал доктор исторических наук, специалист по белому движению Андрей Ганин: «На мой взгляд, Колчак вполне достоин увековечивания. Он многогранная личность, немало сделавшая и для воинской славы России, и как ученый-океанограф. И если у нас в России увековечивали память убийц царя, то почему нельзя повесить мемориальную доску человеку, воевавшему в Гражданской войне на другой стороне?»
