Адвокат Ходорковского Вадим Клювгант заявил «МК», что подобные заявления представителя CК Владимира Маркина — это «домыслы»:
- Из того, что я прочел, я могу сделать вывод, что заявление - ни что иное как фантазии и домыслы. А фантазии и домыслы я не комментирую. Заявление начинается со слов «в связи с вновь открывшимися обстоятельствами...». В то же время что это за обстоятельства, не называют. Пока не появится конкретная информация, комментировать бессмысленно. Более того, полномочиями о возобновлении расследования уголовного дела обладает не следственный комитет, а прокуратура.
Напомним, что Владимир Петухов был убит утром 26 июня 1998 года по пути на работу. До этого градоначальник конфликтовал с руководством ЮКОСа из-за ухода компании от уплаты налогов. Мэр обвинял нефтедобытчика в том, что из-за его серых схем в городе начались перебои с выплатой зарплаты и работой коммунальных служб.
Убийство чиновника произошло в день рождения Михаила Ходорковского, что стало поводом для разговоров о символичном подарке главе ЮКОСа. За убийство мэра Нефтеюганска был осужден экс-руководитель отдела службы безопасности ЮКОСа Алексей Пичугин.
В мае 1998 года мэр Нефтеюганска Владимир Петухов обвинил ЮКОС в том, что компания не платит налоги в местный бюджет. Это, в свою очередь, не позволяло вовремя выплачивать зарплату работникам бюджетных предприятий. Руководство компании заявило, что уплатило в бюджет города около 120 миллионов рублей. Таким образом, власти Нефтеюганска были обвинены в растрате этих денег. На что Петухов объявил голодовку и потребовал возбудить уголовное дело по факту неуплаты налогов. Через несколько дней после окончания голодовки, 26 июня 1998 года, Петухов был убит. Примечательно, что убийство Петухова было совершено в день рождения Ходорковского, что было воспринято как «символичный подарок имениннику».
Связь между гибелью Петухова и его конфликтом с руководством ЮКОСа подтверждения не получила.
В 2003 году Генпрокуратура забрала дело об убийстве Петухова в Москву. А в июле 2005 года она предъявила обвинение в организации убийства чиновника и его охранника экс-сотруднику службы безопасности ЮКОСа Алексею Пичугину. Стоит отметить, что тот уже был приговорен к 20 годам лишения свободы за другие преступления. Обвинитель указывал, что все эти преступления Пичугин организовывал по заданию первого вице-президента ЮКОСа Леонида Невзлина. Убийцами мэра на суде, начавшемся в марте 2006 года, были названы Евгений Решетников, Геннадий Шевцов (он же Цигельник) и Владимир Шапиро.
В августе 2006 года Пичугин был признан виновным по всем пунктам обвинения и приговорен к 24 годам лишения свободы.
В феврале 2007 года Верховный суд РФ направил дело Пичугина на новое рассмотрение, удовлетворив протест Генпрокуратуры, требовавший пожизненного заключения обвиняемого. В августе 2007 года Мосгорсуд приговорил Пичугина к пожизненному заключению.