В последние годы деятельность совета сводилась к подготовке списка госнаград, стратегической работы фактически не было. Летом состав и структура совета были изменены: работу разделили по четырем секциям: приоритетные и междисциплинарные исследования, инфраструктура научных исследований, финансовые инструменты и кадровое обеспечение.
Первую за четыре года встречу с президентом посвятили не тому, что изучать, а за счет чего. Группа под руководством директора Института мировой экономики и международных отношений РАН Александра Дынкина продумывала, как увязать бюджетный цикл с циклом научных исследований (сейчас они отличаются по продолжительности) так, чтобы финансирование последних не прерывалось и не откладывалось. Путин же выступил за «многоканальное финансирование» — и за счет бюджета, и за счет внебюджетных источников. Он отметил, что в Японии наука, например, тратит только 23% бюджетных денег, остальные дает в том числе бизнес. Наша наука тратит 75% бюджетных денег, и то результатов не видно — ссылок в мире на отечественные научные исследования и патентов в ответ государство получает маловато.
По мнению президента, для повышения эффективности расходования госказны на науку действующую систему стоит пересмотреть: давать ученым базовые задания, переориентировать их на результат, а не на освоение денег. Путин также не исключил переход на систему постоянных и срочных контрактов для ученых: первые могли бы подписываться со звездами науки, вторые — по необходимости подписывались бы с учеными, занятыми на конкретных проектах.
Параллельно совет готовил предложения по развитию системы грантов — чтобы деньги на науку шли не только из бюджета. И не только российские: по словам Фурсенко, «если речь о науке, разницы, откуда пришли деньги, никакой», поэтому в отличие от «политических» НКО зарубежные гранты для научных центров только приветствуются. Более того, сейчас прорабатываются нормы, позволяющие создавать международные центры, занимающиеся финансированием науки, на территории России. Правда, пока меценатов, отдающих все свое многомиллиардное состояние, как Эндрю Карнеги, на создание таких центров у нас пока что-то не наблюдается.