По мнению ряда экспертов, именно действия нового главы министерства тогда привели к серьезному внутриполитическому кризису в Южной Осетии и поставили под угрозу государственность республики. Согласно неофициальным данным, 9 февраля 2012 года Чеботарёв лично руководил арестом лидера оппозиции Аллы Джиоевой, которая до этого объявила себя избранным президентом республики, подчеркнув, что «выборы были признаны состоявшимися ЦИК республики и всеми международными наблюдателями».
После «южно-осетинского провала» в Управлении последовал ряд громких отставок, был снят с должности Винокуров и бывший заместитель начальника управления Владислав Гасумянов, которого обвинили «в провале на постсоветском пространстве». Чеботарев же сохранил свою должность начальника кавказского департамента, что вызвало недовольство в администрации президента Южной Осетии, поскольку именно его заподозрили в том, что он передавал руководству искаженную информацию о положении дел в республике.
Однако Чеботарев после этого лишь пошел на повышение, заняв должность Начальника Управления. На этом посту он находился при президентстве Дмитрия Медведева. Более того, он имеет благодарность Президента Российской Федерации (Дмитрия Медведева) - за большой вклад в разработку Стратегии национальной безопасности Российской Федерации до 2020 года. Уже при президентстве Владимира Путина он стал заместителем начальника Управления.
О том, чем занимался Чеботарев до работы в Администрации президента, сведения скудные. Некоторые источники сообщают, что в начале 2000 годов он служил командиром российской военной базы в Бамборе Гудаутского района Абхазии.
