Введение фильтра вызвало критику: тогда 109 депутатов Госдумы от КПРФ и «Справедливой России» направили в Конституционный суд обращение с просьбой проверить закон на соответствие Конституции. Заявители утверждали, что фильтр, по сути, вводит избирательный ценз, который ограничивает право граждан избирать и быть избранными. Однако КС нарушений в законе не нашел.
Критиковали фильтр и в экспертном сообществе. В частности, в аналитическом обзоре экспертов Комитета гражданских инициатив по итогам регистрации кандидатов на первых после принятия закона губернаторских выборах говорится, что муниципальный фильтр серьезно ограничивает политическую конкуренцию: на должность главы претендовали в среднем 4,2 кандидата, в то время как в 2003–2005 годах средняя степень конкуренции на этих выборах составляла примерно 7 кандидатов на одно место.
Как пояснил «МК» зампред ЦК КПРФ депутат Валерий Рашкин, за подписью которого законопроект будет внесен в Госдуму, «кандидаты не должны быть скованы этим чертовым муниципальным фильтром, который ничего не показывает». Депутат считает, что сейчас абсолютное право регулировать, кто будет кандидатом, а кто нет, принадлежит «Единой России». «Кто главнее — губернатор или президент? Почему на выборы президента кандидата может выдвинуть любая партия и никакого фильтра не надо? — рассуждает депутат. — Где логика?» Рашкин также отметил, что были случаи, когда сильным кандидатам от КПРФ не давали пройти на региональные выборы (речь идет, в частности, об отказе в регистрации кандидатам от КПРФ на пост губернатора в Тверской, Нижегородской, Новгородской областях). Этими примерами, по словам Рашкина, коммунисты и будут аргументировать необходимость принятия законопроекта.
«Как показал опыт 2012–2016 годов, у оппозиционных партий нет возможности избрать столько муниципальных депутатов, сколько нужно, чтобы без проблем пройти фильтр, — пояснил «МК» руководитель Центра экономических и политических реформ Николай Миронов. — Только у КПРФ это более-менее получается, и то далеко не везде. У остальных же партий сеть региональных отделений слаба, и это заведомо исключает их шансы на создание собственного муниципального представительства». По словам эксперта, есть еще одна проблема: часто уже избранных депутатов «перекупают», перетягивают на свою сторону, и они подписываются в итоге не за своего кандидата. Политолог отмечает, что реформа муниципального фильтра назрела давно, однако шансы на принятие невелики: системе выгодны подобные заградительные барьеры — их лоббируют прежде всего сами же губернаторы, желающие максимально застраховаться на выборах. «Целесообразным» законопроект назвал и вице-президент Центра политических технологий Алексей Макаркин. «Но я с трудом представляю себе отмену фильтра, потому что это инструмент власти, который ставит даже очень серьезных кандидатов от парламентских оппозиционных партий в зависимость от действующих глав регионов», — заключил эксперт.