Алексей Кузнецов находился в международном розыске по каналам Интерпола с ноября 2012 года. 14 июля 2011 года Басманный суд Москвы заочно вынес постановление об избрании ему меры пресечения в виде заключения под стражу. 5 июля он был арестован на Лазурном Берегу. При задержании у него нашли несколько поддельных паспортов. Главным следственным управлением СК вынесено постановление о привлечении в качестве обвиняемого Алексея Кузнецова по статьям «Мошенничество», «Легализация денежных средств, полученных преступным путем» и «Растрата». Максимальная санкция указанных статей — десять лет заключения.
Громкое расследование о хищениях в Подмосковье было начато в 2009 году. По версии следствия, с ноября 2005 года по ноябрь 2008 года муниципальные унитарные предприятия, отвечающие за ЖКХ, стали искусственно создавать задолженность муниципальных образований перед МУПами за различные работы. Эти долги, а их сумма за три года составила 3,5 млрд рублей, просто делались из воздуха. Потом МУПы с разрешения местных законодательных собраний неожиданно начали заключать договоры, по которым передавали право требования долгов муниципальных образований по ЖКХ различным фирмам.
Фирмы-однодневки были зарегистрированы на алкоголиков, заключенных и граждан, потерявших документы. Они продавали свое право требовать деньги коммерческому банку, который обратился за выплатами в муниципальные образования. Те, чтобы расплатиться по этим долгам, брали кредиты в банке, которые потом погашало из бюджетных средств правительство Московской области.
СК РФ пришел к выводу, что главным организатором преступных схем был Алексей Кузнецов. Аналогичное обвинение предъявлено бывшему первому заместителю Кузнецова Валерию Носову, генеральному директору ООО «Русская инвестиционная группа» Дмитрию Котляренко и генеральному директору ОАО «Московская трастовая компания» Владиславу Телепневу. Также, по версии следствия, они причастны к хищению имущества, принадлежавшего ОАО «Мособлтрансинвест», на сумму свыше 7 млрд рублей.
Кроме того, следствие выяснило, что к созданию подобных финансовых схем мог быть причастен Олег Жуковский, который занимал в банке ВТБ пост управляющего директора управления по работе с крупными клиентами. Его личный помощник Тимур Телепнев является братом экс-гендиректора «Московской областной инвестиционной трастовой компании» (МОИТК) Владислава Телепнева. Однако в декабре 2007 года тело банкира было обнаружено на территории его коттеджа в элитном поселке в Одинцовском районе. Домработница заметила на дне бассейна труп Жуковского, связанного и одетого в тренировочный костюм. После нескольких лет расследования правоохранительные органы признали его смерть... самоубийством.
До последнего времени единственным арестованным по этому делу был бывший первый замминистра финансов Московской области Валерий Носов. 1 июля 2013 года Носова должны отправить из СИЗО «Матросская Тишина» в одну из российских колоний для отбытия четырехлетнего срока за самоуправство. Согласно УИК РФ, отбывание наказания в колонии-поселении позволяет осужденному передвигаться без надзора вне колонии, а также иметь неограниченное количество свиданий. Следствие приняло во внимание такие условия содержания, а также то, что его жена и дети проживают в Англии. Кроме того, были основания считать, что Носов, используя льготные условия отбывания наказания, может принять меры к уничтожению и фальсификации доказательств, подтверждающих его вину, а также может вступить в контакт с лицами, которые принимали участие в совершении указанных преступлений, которые в настоящее время скрываются от следствия и находятся в розыске. Кроме того, с конца прошлого года он знакомится с 330 томами дела о хищениях бюджетных средств в Подмосковье. В случае этапирования обвиняемого из Москвы процесс чтения материалов расследования мог растянуться на неопределенное время, поэтому СК подал в Басманный суд ходатайство об избрании Носову меры пресечения в виде заключения под стражу.
По версии следствия, Носов в составе организованной группы, которую возглавлял Алексей Кузнецов, совершил 9 преступлений, связанных с приобретением у 16 предприятий жилищно-коммунального хозяйства права требования задолженности к муниципальным образованиям Чеховского, Клинского, Химкинского, Пушкинского, Ногинского, Люберецкого и Шатурского районов области на общую сумму более 3,5 млрд рублей и последующей ее легализации. Помимо этого следствие полагает, что в этот же период в составе группы он совершил 3 преступления, связанные с растратой бюджетных средств, вверенных Кузнецову как министру финансов области, на общую сумму более 3,8 млрд рублей. Кроме того, предполагается, что в период с февраля по март 2008 года Носов путем обмана и злоупотребления доверием совершил хищение 7,2 млрд рублей, принадлежащих ОАО «Мособлтрансинвест».
Как заявил начальник Управления по взаимодействию с институтами гражданского общества и СМИ МВД РФ Андрей Пилипчук, «Генпрокуратура намерена направить во Францию запрос о выдаче Кузнецова Российской Федерации для привлечения к уголовной ответственности».
Врио губернатора Подмосковья Андрей Воробьев так прокомментировал арест Алексея Кузнецова: «Это очень болезненная для региона история, регион потерял большие деньги. Уголовные дела в отношении определенного круга лиц сейчас активно ведутся. Наша задача вернуть все деньги в бюджет Московской области, потому что у нас есть планы, и мы считаем, что эти деньги должны пойти на развитие региона. Это деньги жителей, деньги предприятий. И не зря проведен ряд мероприятий по смене управляющего, который сегодня занимается возвращением средств обанкроченных предприятий. Это очень большая работа, это звенья одной цепи. Мы очень рассчитываем, что нам удастся компенсировать эти потери, все по крупицам собрать и эти деньги направить на первоочередные задачи, которых у нас хватает».
