Как стало известно «МК», история неприятностей с законом у Николая Лебедева начались в декабре 2013 года. Тогда с организацией ООО «Строй Делюкс», где учредителем являлась супруга Лебедева, а генеральным директором — его друг, был заключен госконтракт на вывоз мусора на территории района Марфино. Спиленные деревья и землю необходимо было вывезти,чтобы можно было проводить работы по строительству автомобильной дороги, соединяющей две улицы - Комдива Орлова и Малую Ботаническую. На работу была отведена неделя. Однако на момент окончания госконтракта мусор остался на своем месте. Между тем согласно актам работы якобы были выполнены в полном объеме и в срок. На основе этих документов и иной первичной документации из бюджета Москвы было перечислено 2 миллиона 638 тысяч рублей. Впрочем, о злоупотреблении должностными полномочиями стало известно стражам порядка. Начались оперативные мероприятия, в рамках которых из управы были изъят документы.
В рамках расследования были выявлены и другие нарушения. В частности, от Лебедева пострадало также малое предприятие «Маруся». Компания должна была осуществлять санитарную и механизированную уборка дворовых территорий на участке номер 1 и 3 на территории района Марьфино. Между тем Лебедев пригрозил наложить штрафные санкции, которые повлекли бы расторжение госконтрактов. В итоге за два заключенных с марта 2013 года по октябрь 2013 года контракта глава управы получал деньги. «Откаты» перечислялись сначала на банковский счет, затем их обналичивали два посредника и передавали чиновнику.
Останкинский райсуд приговорил бывшего главу управы района Марфино Николая Лебедева к 10 годам строгого режима за взятки и злоупотребление полномочиями и 90 миллионов рублей штрафа.